硫酸二甲酯作为甲基化试剂,可合成二甲基亚砜、苯甲醚、安乃近、咖啡因、安替比林、甲氧基嘧啶、甲胺磷以及农药乙酰甲胺磷等。它与所有的强烷基化试剂类似,具高毒性,皮肤接触或吸入均有严重危害。在有机化学中的应用已逐渐被低毒的碳酸二甲酯和三氟甲磺酸甲酯所取代。
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