生物活性方面，5,6-Dihydroxyindole是黑色素的前体，具有广谱抗菌、抗真菌、抗病毒和抗寄生虫活性。此外，它还具有细胞毒性作用，对各种病原体具有强毒性。5,6-二羟基吲哚在染发领域的应用广泛，它作为黑素原的重要中间体，最早发现于自然界的一种植物中。作为永久染发剂，它与对苯二胺及其衍生物的染发机理相似，通过作用于头发角蛋白纤维，使得染色效果显著。染色后，它能够深入到头发的毛髓内部，洗涤不易掉色，也不会受阳光影响。
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