六氟异丙醇可用于制备含氟表面活性剂、含氟乳化剂、含氟医药中间体等多种高端化学品，以及作为溶剂或清洗剂用于电子行业。酯化作用试剂,肽和肽中间体的高强溶剂。其还凭借其可溶解各种聚合物（包括聚酯、聚酰胺、聚丙烯腈、聚缩醛树脂、和水解聚乙烯酯等）的能力而用于大量这些产品的分析中。作为塑料回收剂的应用工艺是：利用六氟异丙醇的超强溶解性，将混有污染物及其他金属离子等杂物的塑料溶解，可以广泛应用于各种塑料回收。
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