靶向药物研发，作为激酶抑制剂（如抗肿瘤、抗炎药物）或抗菌 / 抗病毒药物的核心砌块，三唑并吡嗪稠环是经典的生物靶点结合母核，三氟甲基可增强分子脂溶性与靶点结合亲和力。
有机合成中间体，依托盐酸盐形式的稳定性（便于储存与分离），通过环上氮原子的修饰反应或三氟甲基的疏水作用调控，合成结构更复杂的稠环衍生物，用于药物活性筛选。
精细化学品合成，用于制备功能性农药或有机功能材料，四氢吡嗪环的柔性与三唑环的刚性协同，可优化产物的理化性质与应用稳定性。
三氟甲基是强吸电子基团，能调控分子电子云分布，增强分子脂溶性与生物膜穿透性，同时提升代谢稳定性，适配药物分子设计需求。
稠环结构（三唑并吡嗪）兼具平面性与电子共轭特性，易与生物靶点（酶、受体）形成疏水作用与氢键，盐酸盐形式则提升了化合物的水溶性，便于生物活性测试。
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