在国内亚磷酸常作为化工中间体被少数肥料企业添加；在国外亚磷酸作为一种农药成分正式登记为杀菌剂使用，比如日本、越南等。也应用于杀菌剂中，作为助剂起到增效的作用。据说进口农药公司的杀菌剂中多数有亚磷酸作为助剂。目前亚磷酸在肥料中开始更多的使用添加，以起到增效作用。
亚磷酸的抗病机理
亚磷酸盐的抗病作用是一种后天获得的系统性抗病（Systemic Acquired Resistance，SAR），又称为诱导性系统性抗病（Inducing SystemicResistance，ISR），属广义性生物防治的一种。+3价P触发植物细胞内的分子反应，通过激活植物自身的免疫系统和防御机制来发挥其抑菌作用。+3价P通过抑制孢子的形成来改变真菌壁并抑制其进一步增殖，这样控制疾病和其进一步传播。因此，亚磷酸酯分子具有双重作用机制。
在植物中，亚磷酸酯诱导的抗病菌是由于分子水平上真菌感染引起的反应。亚磷酸钾也通过杀死周围的植物细胞而使病原体壁脱落，称为过敏反应，有点像森林大火周围的火线。这是普遍观察到的泛黄和发展的坏死组织周围的患病地区。但该植物进一步反应，释放植保素，提醒叶绿体工厂的其余部分开始生产其他化合物，增加植物抵抗感染或其他病菌对植物的攻击。这些反应称为后天获得的系统性抗病和诱导性系统性抗病。其中，亚磷酸钾的功能性钾也通过保持植物细胞的肿胀和诱导生长来提供一定程度的疾病保护。
作用方式
亚磷酸盐是高度流动的分子，可以很容易地被植物的叶子和根吸收，并在整个植物体内移动。
所以，亚磷酸可以通过叶面喷洒和灌溉施肥使用，通过木质部和韧皮部被快速移动和吸收。
亚磷酸盐作用方式
目前进口公司在国内销售的亚磷酸均是亚磷酸钾，因为在国内暂时还没有取得登记证件，很多企业是在用大量元素证件或高含量磷钾免于登记的形式在做，但是在产品卖点上都突出了亚磷酸或者特殊磷酸酐工艺。