氢/氘交换耦合质谱 (HX-MS) 是一种基于蛋白质主链酰胺氢和氘化标记缓冲液之间交换的标记方法。HX-MS 用于获取有关高阶蛋白质结构和动力学的信息，因为酰胺氢交换速率受到局部结构和溶剂可及性的影响。
我们提出了与串联质谱 (HX-MS 2 ) 相结合的氢/氘交换工作流程，支持采集肽片段离子及其肽前体。该方法通过挖掘碰撞诱导解离 (CID) 生成的一组丰富的氘化片段，实现 HX 数据的真正自动管理，同时确认肽 ID 并验证基于 MS 1的氘化计算。碎片提供的高冗余支持使用组合策略对氘计算进行置信度评估。该方法需要大多数 MS 平台上都提供的数据独立采集 (DIA) 方法，从而可以直接切换到 HX-MS 2。重要的是，我们发现 HX-DIA 可实现蛋白质组学级方法和广泛的应用。通过自动管理节省了大量时间，现在可以以更高的吞吐量表征复杂的样品。
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