简单的说，控制代谢流的过程，就是控制生物分子反应平衡的过程。我们想想，基础化学反应中如何控制反应平衡的？
1. 控制反应物浓度。
2. 控制温度。
3. 控制催化剂。
对应过来，在生物代谢网络里我们可以做类似的事情。
控制反应物浓度 → 区室化与转运
人类一般通过分批补料从而从源头上控制反应物浓度。并通过排出产物（如呼出二氧化碳）来打破平衡，持续驱动反应向右进行。
控制温度 → 稳态调节
环境稳定：大多数生物通过稳态 (Homeostasis) 维持恒定的内环境温度，因为酶的催化效率对温度极度敏感。如果温度过高，生物催化剂（酶）的三维结构会发生变性 (Denaturation)，导致功能彻底丧失。我们可以发酵罐体系，我们也可以通过控温，维持，或终止酶的工作。
控制催化剂 → 酶活调节与基因表达
基因表达控制（长期调节）：细胞可以从根本上调控基因的转录和翻译，决定生产多少酶“机器”。