2,3,4,5,6-五氟苯甲酰氯可以用作医药、农药和液晶材料的中间体。这种化合物在化学合成中具有重要作用,能够参与这些领域的关键反应,生成最终的产品。此外,2,3,4,5,6-五氟苯甲酰氯还常用作气相色谱(GC)衍生化试剂。在研究中,它被用于衍生化5-雄烯酮、乙酸酮、雌酮、双氢甲状腺酮和雌酮等化合物,以测定其血清水平。这种方法有助于建立快速、准确的测定人尿中二甲胺(DMA)的GC–MS方法
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