医药中间体：
托法替尼中间体：4-氯吡咯并嘧啶是合成治疗类风湿关节炎药物托法替尼（Tofacitinib）的关键中间体。托法替尼是一种JAK抑制剂，用于治疗对甲氨蝶呤反应不足或不耐受的中度至重度类风湿关节炎成年患者。
其他药物合成：还可用于合成多种具有抗菌、抗肿瘤、抗椎体虫等活性的药物分子。
有机合成：
作为有机合成中的重要砌块，4-氯吡咯并嘧啶可用于构建更复杂的杂环化合物。
其结构中的氯原子和吡咯环单元具有较高的化学反应活性，可发生亲核取代、芳香亲核取代等多种反应，为药物分子的多样化合成提供了可能。
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