核心组成:由 Cy3 荧光染料通过氨基烯丙基连接臂与尿苷三磷酸(UTP)共价结合而成,分子量为 1151.98(游离酸形式)。
光谱特性:激发波长 550nm,发射波长 570nm,呈现明亮的橙色荧光,可与 TRITC 滤光片组兼容,适用于共聚焦显微镜、流式细胞仪等设备。
纯度与稳定性:产品为无核酸酶的 10mM 水溶液,纯度≥95%(HPLC 检测),需避光保存于 - 20℃,至少两年有效,避免反复冻融。
酶促掺入:作为 T7、T3、SP6 等 RNA 聚合酶的底物,Cy3-UTP 可在体外转录过程中随机替代天然 UTP,掺入比例通常为 10%-50%(需优化反应条件)。例如,使用 35% 的 Cy3-UTP 替代 UTP 时,可在标记效率与 RNA 产量间达到最佳平衡。
直接可视化:标记后的 RNA 无需额外染色即可通过紫外光或荧光显微镜观察,简化实验流程并减少背景干扰。
高灵敏度与特异性:Cy3 染料的消光系数高达 150,000 cm⁻¹M⁻¹,可检测低至皮克级的 RNA 样本,且与 DNA 的非特异性结合极低。
体外转录条件优化:
模板需包含 T7 启动子序列,推荐使用线性化质粒或 PCR 产物。
反应体系中需加入 RNase 抑制剂,避免 RNA 降解。
多色荧光实验设计:
与 Cy5-UTP(激发 / 发射波长 650/670nm)或 FITC-UTP(495/520nm)联用,可实现多目标同时检测。
需注意不同染料的光谱重叠问题,建议通过荧光补偿或滤光片组合优化信号分离。
储存与操作注意事项:
避免直接暴露于强光,实验操作建议在暗室或使用遮光罩。
标记后的 RNA 探针可于 - 80℃长期保存,使用前需缓慢解冻并轻柔混匀。
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