二羟基吲哚为含氮的杂环化合物，分子结构中既有六元的苯环，又有五元氮杂环。有两种异构体，其中之一为1,2-二羟基吲哚(英文名称1,2-dihydroxyindole)，经水重结晶后为斜方晶系晶体。溶于水，其水溶液呈酸性。易溶于醋酸、丙酮、热乙醇，能溶于氢氧化钠碱水溶液、碳酸氢钠水溶液，难溶于醚、苯、冷水，不溶于无机酸、石油醚。分子式为C8H7NO2，其2位羟基存在烯醇型和酮型的互变异构形式。
另一种异构体是5，6-二羟基吲哚(英文名称5，6- dihydroxyindole)，又名吲哚-5，6-二醇(indole-5-6-diol)，两个取代羟基在苯环上。纯净的5,6-二羟基吲哚为无色针状晶体,熔点140℃(分解),溶于热水,不溶于石油醚，结晶状态下很稳定,但在微碱溶液中则很快氧化成类似黑素的物质。
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