背景[1-3]
SETDB1抗体是一种用于检测和研究SETDB1（SET domain,bifurcated 1）蛋白的生物学工具。SETDB1是一种组蛋白甲基转移酶，能够特异性地三甲基化组蛋白H3的Lys-9残基（H3K9me3），从而参与表观遗传调控和基因沉默。SETDB1在多种生物学过程中发挥重要作用，包括细胞分化、发育、肿瘤发生等。因此，SETDB1抗体的研究对于深入理解这些生物学过程具有重要意义。
SETDB1抗体
一、SETDB1抗体基本信息
抗体名：SETDB1抗体，也称为ESET抗体，其蛋白别名包括KIAA0067 antibody、KMT1E等。
亚型：根据不同供应商和产品，SETDB1抗体可以是单克隆抗体或多克隆抗体。例如，某些产品为小鼠源单克隆抗体（如Abnova的SETDB1单克隆抗体），而另一些产品为兔多克隆抗体（如LSM Bio的anti-SETDB1 antibody）。
克隆性：单克隆或多克隆，取决于具体产品。
抗原来源：通常来源于SETDB1蛋白本身或其片段，通过基因工程技术表达。
二、SETDB1抗体使用场景
SETDB1抗体在生物学研究和临床诊断中具有广泛的应用，主要包括以下几个方面：
Western Blot（WB）：用于检测细胞或组织样品中SETDB1蛋白的表达水平。
免疫荧光（IF）：在细胞水平检测SETDB1蛋白的亚细胞定位。
免疫组化（IHC）：在组织切片中检测SETDB1蛋白的表达和分布。
酶联免疫吸附测定（ELISA）：用于定量检测样品中SETDB1蛋白或相关分子的含量。
免疫沉淀（IP）：用于研究SETDB1蛋白与其他蛋白质的相互作用。
三、SETDB1抗体保存与使用
保存条件：SETDB1抗体应存放在-20°C或更低温度的冰箱中，避免反复冻融以确保抗体的活性和稳定性。不同产品可能具有特定的保存条件，请遵循产品说明书中的建议。
使用注意事项：在使用SETDB1抗体进行实验研究时，应严格按照产品说明书进行操作。根据实验需求调整抗体的稀释倍数，并注意避免污染和交叉反应。
应用[4][5]
SETDB1抗体可以用于Tiam1相互作用蛋白的筛选、鉴定及其功能的初步研究
以人原发性肝癌高、低转移细胞株(HCCLM6,MHCC97L)为研究对象,采用基因转染和RNAi技术从细胞和动物水平证明了Tiaml过表达能促进肝癌增殖、侵袭、转移,相反沉默内源性Tiaml表达降低了肝癌增殖、侵袭、转移能力。研究结果为阐明肝癌转移机制及寻找预测肝癌转移的潜在标志物提供了理论依据。寻找Tiaml蛋白的相互作用蛋白是进一步理解Tiaml蛋白功能的一个重要途径。
本研究拟在前期研究的基础上利用酵母双杂交技术筛选Tiaml相互作用蛋白,为阐明肝癌发生、发展机理,寻找肿瘤早期诊断和治疗的靶标提供重要理论依据。
方法1.酵母双杂交筛选Tiaml相互作用蛋白1.1构建酵母双杂交诱饵表达载体首先应用基因重组技术,以商品化的人Tiaml cDNA克隆为模板,构建Tiaml蛋白酵母表达质粒pGBKT7-Tiam1/C1199。将其转化到酵母菌株AH109中,检测Tiaml蛋白在酵母菌株中的表达情况,分析有无毒性和自激活活性。1.2利用cDNA文库筛选Tiaml相互作用蛋白利用经典的PEG/LiAc酵母转化法,采用大规模转化技术,以pGBKT7-Tiam1/C1199重组蛋白为诱饵,筛选"Universal Human Mate&Plate"文库。选取初筛获得的阳性克隆,进行质粒抽提、分离文库质粒和诱饵质粒、回复杂交验证。将获得的真阳性克隆进行测序分析和在NCBI数据库中进行Blast比对。2.交联免疫沉淀技术验证候选蛋白与Tiaml之间存在相互作用利用基因重组技术,分别构建了带有Flag和HA表位标签的候选蛋白和Tiam1-C1199真核表达载体。两种载体共转染人胚肾细胞HEK293T,加入含1%甲醛的PBS交联10min,超声裂解获取细胞总蛋白,将蛋白、抗体与Protein G共同孵育,通过anti-HA和anti-Flag的抗体分别进行免疫复合物沉淀,再以anti-Flag、SETDB1抗体和anti-HA抗体进行western blot检测,确定Tiaml和SETDB1、ZNF307是否存在相互作用。
3. 肝癌组织中SETDB1的表达检测及临床意义利用SETDB1抗体免疫组织化学的方法检测87例具有5年完整临床随访资料的肝癌组织标本中SETDB1的表达情况,探讨SETDB1与肝癌发生发展的关系。
4.SETDB1表达沉默对肝癌细胞生物学特性的影响应用荧光定量PCR和SETDB1抗体Western blot技术分别从mRNA和蛋白水平检测SETDB1在肝癌细胞系中的表达。使用Designer3.0(Genepharma)软件进行设计,合成4条SETDB1基因的特异性干扰序列A、B、C、D。将寡核苷酸链退火成双链DNA后,与线性化的慢病毒载体相连,构建SETDB1慢病毒干扰载体,将慢病毒载体质粒与辅助质粒共转染人胚肾HEK293细胞包装慢病毒,收集病毒上清,进行病毒滴度测定。用含SETDB1特异性干扰片段的慢病毒感染内源性高表达SETDB1的肝癌细胞株,流式细胞仪进行荧光分选,荧光定量PCR、SETDB1抗体western blot检测转染各干扰片段细胞中SETDB1基因的干扰效率,挑选干扰效率最高的细胞株作为体外功能试验的研究对象。利用CCK8法、平板克隆形成实验及流式细胞周期技术检测SETDB1沉默后对细胞体外生长和增殖能力的影响；利用划痕实验及Transwell小室分析体外迁移和侵袭能力的变化。5.统计学分析采用SPSS13.0对数据进行统计学分析。采用χ2检验对SETDB1蛋白表达与各临床病理参数之间的关系进行统计学分析；对SETDB1蛋白表达及其它临床病理参数与生存期的关系进行统计学分析采用Kaplan-Meier法和Cox风险比例回归模型。分别采用析因分析、重复测量资料的方差分析方法检测转染前后体外增殖能力和迁移能力的变化；采用单因素方差分析荧光定量PCR、平板克隆形成实验、细胞周期实验、侵袭实验结果,检验各组细胞之间的统计量是否存在差异,方差齐时用LSD法,方差不齐时用Dunnett's T3法。均以P<0.05为差异具有统计学意义。
参考文献
[1]Tiam1 as a signaling mediator of nerve growth factor-dependent neurite outgrowth.Shirazi Fard Shahrzad;Kele Julianna;Vilar Maral;Paratcha Gustavo;Ledda Fernanda.PloS one.2010
[2]A potential interaction of p75 and trkA NGF receptors revealed by affinity crosslinking and immunoprecipitation.Huber L J;Chao M V.Journal of neuroscience research.1995
[3]Construction of improved yeast two-hybrid libraries.Maier RH;Maier CJ;Onder K.Methods Mol Biol.2011
[4]Setdb1 Histone Methyltransferase Regulates Mood-Related Behaviors and Expression of the NMDA Receptor Subunit NR2B.Yan Jiang;Mira Jakovcevski;Rahul Bharadwaj.JOURNAL OF NEUROSCIENCE.2010
[5]黄静.Tiam1相互作用蛋白的筛选、鉴定及其功能的初步研究[D].南方医科大学,2013.