5-溴胞嘧啶是胞嘧啶的5位溴代衍生物，为重要的医药中间体与核酸研究工具。白色至类白色或淡黄色固体，可溶于甲酸(约50mg/mL)，在水中溶解度较低。5-溴胞嘧啶是合成5-氟胞嘧啶的关键原料，作为核苷类似物，用于核酸标记、碱基配对与突变研究，以及作为嘧啶环构建单元，用于杂环药物与生物活性分子的合成。
应用情况
李清等人研究了三螺旋DNA中胞嘧啶被5-溴胞嘧啶取代后的稳定性问题。通过建立CGC,CGBrC,BrCGC和BrCGBrC 4种模型,并采用 Insight Ⅱ软件包中的Discover程序进行计算模拟,发现用5-溴胞嘧啶取代三螺旋DNA分子中的胞嘧啶后,整个分子的稳定性有所降低。同时,当用5-溴胞嘧啶取代三螺旋DNA不同链上的胞嘧啶时,被取代链的碱基堆积能显著增高,导致分子链内稳定性降低,但被取代链和相邻链间相互作用能有所降低,使得链间作用趋向稳定[1]。
专利CN200880011679.7实施例108中间体6-氨基-5-(4-(三氟甲基)哌啶-1-基)嘧啶-2(1H)-酮的合成：在125mL高压玻璃容器中，将5-溴胞嘧啶(1.0当量)、4-(三氟甲基)哌啶(1.25当量)和二异丙基乙胺(1.25当量)的N-甲基吡咯烷酮(NMP)溶液(浓度为0.525M)通过充入氢气脱气10分钟。然后将玻璃容器密封，于120℃加热3天。反应混合物通过反相HPLC直接纯化并冷冻干燥，获得产物的TFA盐,为易碎的橙色固体(50%)。LCMS(m/z): 263.0(M+H+)[2]。
专利CN202380041072.8实施例33步骤1：乙酸(2R,3R,4S,5R)‑2‑(4‑氨基‑5‑溴‑2‑氧代嘧啶‑1(2H)‑基)‑4‑(苄氧基)‑5‑((苄氧基)甲基)‑5‑甲基四氢呋喃‑3‑基酯。在25℃在N2下，向4‑氨基‑5‑溴‑1H‑嘧啶‑2‑酮(0.38g，2.00mmol)在MeCN(15mL)中的混合物一次性添加N,O‑双(三甲基甲硅烷基)乙酰胺(1.22g，6.00mmol)。然后将混合物在70℃搅拌1小时。在冷却至25℃之后，在25℃滴加TMSOTf(390mg，1.76mmol)和(3R,4S,5R)‑4‑(苄氧基)‑5‑((苄氧基)甲基)‑5‑甲基四氢呋喃‑2,3‑二基二乙酸酯(0.5g，1.17mmol)。将所得混合物在25℃搅拌16小时。然后通过添加10重量％的柠檬酸水溶液(10mL)淬灭反应并用EtOAc(20mL)萃取。将有机层用盐水(15mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥，过滤和浓缩。通过柱色谱法在硅胶上(柱高度：250mm，直径：100mm，100‑200目硅胶，DCM/MeOH＝50/1)纯化残余物，以产生黄色油状标题化合物(0.64g，98％产率)[3]。
参考文献
[1] 李清,白春礼,Imshik Lee,等. 溴代胞嘧啶对三螺旋DNA稳定性的影响[J]. 计算机与应用化学,1999(1):9-13. DOI:10.3969/j.issn.1001-4160.1999.01.002.
[2] 诺瓦提斯公司. PIM激酶抑制剂及其应用方法:CN200880011679.7[P]. 2010-03-24.
[3] 转位治疗股份有限公司. 核苷LINE-1抑制剂:CN202380041072.8[P]. 2025-01-07.