脂肪酶有很多优点：化学选择性、区域选择性、立体选择性、无毒、可用性、反应温和等，并且在低水介质和有机溶剂介质中也具有活性。因此，脂肪酶作为生物催化剂广泛应用于有机反应中，可用于羟醇缩合反应、汉奇（Hantzch） 反应、坎尼扎罗（Canizzaro）反应、曼式（Mannich）反应、贝里斯-希尔曼（Baylis-Hilman）反应、乌吉（Ugi）反应、克脑文盖尔（Knovenagel ）缩合反应、迈克尔（Michael）加成反应、氧化反应、动力学拆分反应以及多米诺（domino）反应等。脂肪酶还可催化很多常规反应，如脂或油的水解、醇解、氨解、酯化、酯交换、转酯化和不对称反应，可生成多种化学物质（如醇、羧酸酯、氰醇、氯代醇、二醇和胺类）的手性衍生物。
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