细胞分选（cell sorting）是根据细胞所具有的特性将某种特定的细胞亚群从混合的细胞样品中分离出来的一种技术，是细胞学研究的重要课题。在需要对某种特定的细胞进行功能分析时，如对细胞培养上清液通过ELISA分析检测细胞分子、细胞共培养检测细胞功能等研究都以获得高纯度的目的细胞为前提。
常见细胞分选的方法有两大类：一类是基于免疫识别特性的方法包括流式细胞分选和免疫磁性细胞分选；另一类是基于细胞物理性质的密度梯度离心法，它主要是由于不同细胞群之间存在沉降系数差异，在一定的离心力作用下不同种类的细胞会以各自不同的速度沉降，在密度梯度不同的区域会形成区带，从而实现分选目的，但分离得到细胞纯度低且特异性差导致应用较少，本文不做过多介绍。以下重点介绍基于免疫识别特性的两种分选方法。
流式细胞分选
流式细胞分选是在流式细胞术检测细胞表型的基础上，使用充电分选技术以实现多种特定表型细胞的分离。具有分选参数多、群体多、纯度高、灵活性强等优势。分选后细胞可做进一步分子生物学研究如荧光定量PCR、WB、细胞培养等。
分选型流式细胞仪一般由液流系统、光路系统、检测分析系统和分选系统4部分组成。分选功能是通过鞘液流形成的含有细胞的带电液滴而实现的，在流动室的喷嘴上装有一个高速振荡器，该装置充电后以每秒几万次的振动频率使鞘液流成为上万个液滴，细胞在进入液滴之前已经被测定，如果其特性与被选定要进行分选的细胞特性相符，则仪器会对此细胞形成液滴时给整个液柱充以指定的电荷（对标有荧光素的细胞液滴带以负电荷；未标记荧光素的细胞液滴带以正电荷；而不含有细胞的液滴则不被带电荷）。这样，当被选定的细胞形成液滴时就带有特定的电荷，未被选定的细胞和空白液滴不被充电，即不带电荷。当充以不同电荷的含细胞的鞘液流经带有正负几千伏恒定电场的偏转板时，就根据自身所带的电荷性质产生偏差而落入各自的收集管中，不带电荷的液滴就进入废液槽中，从而实现细胞分选的目的。